La misión de la IE Aguas Claras es desarrollar en los estudiantes de preescolar, básica y media, competencias científicas, ciudadanas y comunicativas, a través de la implementación de modelos educativos flexibles con enfoque diferencial, fortalecidas desde la educación en valores y la cultura del emprendimiento, que les permitan un buen desempeño personal, social y profesional, en el marco de los principios de justicia, equidad y sana convivencia.