La Secretaría de Educación Departamental en uso de sus facultades y cumpliendo con la reorganización del sector educativo, fusiona las 31 sedes habilitadas para la fecha en el sector rural del municipio de Villa Caro a la Institución Educativa LA CUEVA, creada mediante Decreto N° 000291 de mayo 30 de 2006 y se asigna una nueva razón social mediante decreto No. Decreto 000533 del 19 de septiembre de 2013, donde en común acuerdo con diferentes miembros de la comunidad educativa se decidió llamar “Institución Educativa San Pedro Apóstol” registrada bajo el DANE N° 254871000125-01, quedando la Institución conformada por las siguientes Sedes: Sede principal La Cueva, el Último, Campo Alicia, La Quinta, Las Colmenas, La Humareda, San Antonio, Sabanitas, El Carrizal, El Roble, Peña de la Virgen, El Molino, Puerto Rico, Divino Niño, Agua Blanca, San Juan, La Capilla, Alto del Pozo, Buenos Aires, Honduras, La Ramada, San Roque, El Caimito, Palermo, Agua Negra, Corazones, El Silicio, Balcones, Los Curos, Bellavista y El Silencio, estableciéndose como sede principal la Sede la Cueva ubicada al oriente de la cabecera municipal a 6 Km del perímetro urbano sobre la vía carreteable que conduce de Villa Caro a Cúcuta, es una institución de carácter oficial que ofrece la posibilidad de acceso a la educación preescolar, básica y media
a la mayoría de niños y jóvenes del sector rural.
En el transcurso del año 2014 se logra la reapertura de la Sede el Ramo y en el año 2015 la reapertura de la sede La Vuelta, sumando así un total de 33 Sedes Educativas adscritas a la Institución.
Los inicios de esta Institución Educativa se dieron en la década de los cuarenta con el nombre de Escuela Rural La Cueva, ofreciendo la educación básica primaria, para ese entonces grados 1° a 5, cinco décadas después viene a fortalecerse gracias a los programas del PER en el año 2002 que hizo posible la opción del modelo de la Post-primaria; éste mismo inicia, con un grupo de 20 jóvenes que por motivos económicos y de distancia se les había dificultado acceder al nivel de educación secundaria.
Sumado al modelo en mención la comunidad educativa emprendió un trabajo continuo por la consecución de la educación media logrando la aprobación oficial como Institución Educativa mediante el Decreto 000291 Mayo 30 del 2006, actualmente la Institución Educativa ofrece con seriedad, calidad y eficiencia a toda la comunidad del Municipio de Villa Caro y sitios cercanos el servicio educativo garantizado, a su vez servicios
complementarios que dinamizan los procesos y fortalecen los vínculos y la interacción institución educativa y comunidad logrando una convivencia optima como principio fundamental entre los diferentes estamentos sociales que la conforman.
La antes llamada Institución Educativa la Cueva, a la cual se fusionaron los demás centros educativos del sector rural, se inició como una escuela en el año 1940 ubicada en una casa humilde en predios de la finca ‘’El Placer’’ de la vereda la Cueva, nombre dado a razón que allí habitaron un grupo de indígenas denominados “Los Cuevos”, correspondiente al grupo de los motilones de la familia Caribe.
Posteriormente, la llamada Escuela La Cueva, fue trasladada a un terreno que donó el Señor Ángel Miro Ortiz en el año 1960, dicha donación no fue representada en un documento firmado y a la postre, no se cuenta con propiedad de terreno en la sede Principal. En el año 2002 pasó de escuela a centro piloto de la post primaria con un número de 22 estudiantes de básica secundaria, posteriormente funcionó como Centro Educativo.
A partir del 30 de mayo del 2006 se establece la Institución Educativa La Cueva como sede central y 9 sedes anexas: El Alto, Las Colmenas, La Humareda, San Antonio, Sabanitas, Campo Alicia, El Ultimo y la Quinta y el 14 de noviembre del 2008 bajo el decreto N° 0004444 fue aprobado el grado 10 y 11 logrando para esta comunidad un bachillerato completo, dándole posibilidades a los educandos un mejor desarrollo personal y comunitario.
Actualmente recibe el nombre de Institución Educativa San Pedro Apóstol, donde se concentra todas las sedes habilitadas del sector rural del municipio de Villa Caro y tiene su sede principal en la vereda la Cueva ubicada al oriente de la cabecera municipal a 6 kilómetros del perímetro urbano sobre la vía carreteable que conduce de Villa Caro a Cúcuta.
La primera promoción de Bachilleres como Institución Educativa San Pedro Apóstol fue en el año 2013 con un total de 7 jóvenes pertenecientes al sector rural y a cargo del Especialista Luis Alberto Quintero Gonzales como titular. Su primer Directivo fue la Especialista Yolanda Hernández Salcedo, posteriormente asumió la rectoría de la Institución la Especialista Mabel Lorena Flórez Ochoa en febrero de 2014 y en este mismo año se logró la asignación del cargo de coordinación, en nombre de la especialista Isaura Villamizar Jaimes. En agosto del año 2015 asume la Rectoría el Especialista Nelson Mauricio Rico Ramírez mediante concurso de mérito, en el año 2016 se traslada el Rector en propiedad y asume la Rectoría en encargo el especialista Jesús Amado Flórez Ordóñez hasta el me de septiembre del 2022 por solicitud de traslado a otra Institución, actualmente por convocatoria de encargos directivos realizada por parte de la Secretaria de Educación Departamental asume la Rectoría de la Institución la
Magister Isaura Villamizar Jaimes desde el 29 de septiembre de 2022 hasta la fecha.
Se otorga aprobación de estudios a la Institución Educativa San Pedro Apóstol en cada una de las auditorias realizadas según:
Resolución N° 04743 el 18 de noviembre de 2015.
Resolución de aprobación de estudios N° 04464 del 28 de Octubre de 2016.
Resolución de aprobación de estudios N° 05120 del 21 de Noviembre de 2018.
Resolución de aprobación de estudios N° 003403 del 06 de Noviembre de 2020.