Hacia el año 2028 el Colegio Francisco Sanjuán será una institución educativa comprometida en la formación de estudiantes líderes capaces de trabajar y sacar adelante su comunidad partiendo de la premisa pedagógica de aprender a aprender, el desarrollo de la creatividad y la autonomía y el desarrollo integral de la sociedad, mediante procesos educativos que comprometen a estudiantes docentes y padres de familia en el reconocimiento de la individualidad, la valoración de las diferencias y el respeto por la pluralidad cultural.